Evaluación del polimorfismo genético mediante PCR-SSCP en dos secuencias del gen TLR2 en alpacas (Vicugna pacos) y su relación con enfermedades infecciosas

Abstract

Se evalúa el Polimorfismo de Nucleótido Simple (SNP) en dos secuencias del gen TLR2, en una población de 154 alpacas entre sanas y enfermas, usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), seguido del análisis de Polimorfismo de Conformación de Cadena Simple (PCR- SSCP) y secuenciamiento de ADN. Tres loci polimórficos de SSCP, representados en tres diferentes secuencias fueron identificados: T/637/C, G/715/A y G/777/A. A su vez, el SNP G/715/A generó una mutación no sinónima produciendo un cambio de aminoácido de Valina/239/Isoleucina. El estudio determinó que la población analizada no se encontraba en equilibrio Hardy-Weinberg debido a un déficit de heterocigotos (p<0.05), además los tres loci polimórficos no presentan desequilibrio de ligamiento (p>0.05). Así mismo el análisis de asociación entre los SNP’s y el estado sanitario del animal sano o enfermo tampoco presentó valores estadísticos significativos para el Chi cuadrado (p>0.05); por otro lado, el Odds Rattio (OR) demostró la existencia de relación entre el estado sanitario y los SNP G/715/A y G/777/A (OR>1, IC>1, P<0.05). En conclusión los resultados sugieren que la población evaluada presenta loci heredados al azar y no existe una asociación significativa de los SNPs (p = 0.4) con la variación para el fenotipo de enfermos y sanos.

We studied the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in two TLR2 gene sequences in a population of 154 alpacas, between healthy and sick, using the chain reaction (PCR), followed by the analysis of Polymorphism, Single-Stranded Conformation (PCR-SSCP) and DNA sequencing. Three SSCP polymorphic loci, represented in three different sequences were identified: T/637/C, G/715/A and G/777/A. In turn, the SNP G/715/A generated a nonsynonymous mutation causing an amino acid change of Valine/239/Isoleucine. The study founded that the population under study was not in Hardy-Weinberg equilibrium due to a deficit of heterozygotes (p <0.05), in addition, three polymorphic loci showed no linkage disequilibrium (p> 0.05). Also the analysis of association between SNPs and the health conditions of healthy and sick animals did not present statistically significances for the Chi square test (p> 0.05), on the other hand, the Odds Ratio (OR) showed the existence of relationship between the health conditions and G/715/A and G/777/A SNP (OR> 1, CI> 1, P <0.05). In conclusion the results suggest the studied population has randomly inherited loci and there is no significant association of SNPs (p = 0.4) with the variation for the phenotype of sick and healthy individuals.