Identificación preliminar de microflora bacteriana en el compartimiento 1 del sistema digestivo en alpacas (Vicugna pacos)

Abstract

Un estudio preliminar de identificación de bacterias presentes en el compartimiento 1 de alpacas Huacaya fue realizado. Fragmentos de 728 bases del gen 16S rDNA fueron amplificados mediante PCR. Los productos de PCR fueron clonados en un vector de expresión PGEM–T (Promega), transformados en Escherichia coli JM109 y secuenciados en un analizador genético ABI 3130. El análisis de 32 secuencias del gen 16S rDNA indicaron altos grados de similaridad (> 95%, > e-140) con secuencias de bacterias previamente descritas en bases de datos del GeneBank, Blast server for bacterial identification, Ribosomal database project y BiBi database. Sin embargo, un 25 % de las secuencias no mostraron similaridad con secuencias bacterianas descritas previamente. Los resultados indican la presencia de Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter termitidis, Fastidiosipila sanguinis y sugieren la presencia de bacterias no descritas a la fecha en el compartimiento 1 de la alpaca.

A preliminary study on identification of bacteria present in compartment 1 of Huacaya alpacas was performed. Fragments of 728 bases of 16S rDNA gene were amplified using PCR. PCR products were cloned into an pGEM-T (Promega) expression vector, transformed into Escherichia coli JM109 and sequenced in an ABI 3130 Genetic Analyzer. The analysis of 32 16S rDNA sequences indicated a high degree of similarity (> 95% ,> e-140) with sequences of bacteria previously described in the GenBank database, Blast server for bacterial identification, Ribosomal Database Proyect and BiBi database. However, 25 % of sequences do showed similarity with any bacterial sequences described in bacterial database. The results indicate presence of Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter termitidis, Fastidiosipila sanguinis and suggest the presence of bacteria not yet described in the alpaca compartment 1.